Au fil des années, les locaux tout comme les équipements se dégradent et deviennent insuffisants. En 1890, le rapport de l’inspecteur du ministère de l’Instruction publique et des Beaux-Arts est alarmant. Il regrette l’absence de bibliothèque, tout comme celle d’un amphithéâtre pour les cours oraux. Il constate le capharnaüm qui règne dans la salle des professeurs, déplore l’obligation de transporter les modèles au premier étage, ce qui représente une opération pénible et dangereuse pour les élèves. Il note qu’il n’y a pas de salle pour le modèle vivant.
La Ville a d’ores et déjà envisagé de transférer l’établissement dans la Maison Agnès Sorel acquise en 1881 (aujourd'hui située 11 rue du Tabour). Cet hôtel du 15e siècle classé monument historique est alors en cours de restauration avec le soutien de l’Etat. L’inspecteur émet un avis très défavorable en raison de la distribution compliquée des espaces et des salles sombres de l’édifice. Il propose un projet plus ambitieux avec l’agrandissement de l’école actuelle sur l’emprise du cloître attenant et la création d’une école à vocation régionale.
En 1893, c’est finalement le Musée Jeanne d’Arc qui est pressenti pour occuper la Maison Agnès Sorel (actuel Centre Charles Péguy). Des crédits de 2 650 francs sont votés pour l’établissement d’une nouvelle salle à l’Ecole de dessin. Dans son étude publiée en 1894, Louis Jarry indique que l’école, qui vient tout juste de bénéficier de travaux d’aménagement et d’embellissement, a une certaine élégance. Il la décrit ainsi :
Ce bâtiment contient, au rez-de-chaussée l’entrée, le logement du concierge et, autour d’une cour, la salle de modelage, les deux salles pour la coupe de pierre et le musée des modèles. Au premier étage sont deux salles pour le dessin d’imitation et celle de l’architecture. Le dessin industriel occupe les deux salles du second étage. Cet emplacement, sous le toit [combles des galeries du Campo Santo], est incommode pendant l’été. Mais alors, le cours est transféré au rez-de-chaussée, dans les salles de la coupe de pierre dont les cours se terminent à Pâques.